Juan Manuel Vargas regresó al fútbol peruano en 2017 para ponerle fin a su carrera deportiva en el equipo de sus amores, Universitario de Deportes, como tantas veces lo había prometido. El popular 'Loco' Vargas cumplió su promesa, sin embargo, no cumplió en la parte deportiva.
Y es que Juan Manuel Vargas no logró ponerse en la mejor condición física jugando para Universitario, lejos de eso, se le vio subido de peso, razón por la cual no era tomado muy en cuenta por aquel comando técnico, por lo que terminó su etapa en la 'U' con 48 partidos, 6 goles y 3 asistencias.
De esta manera, llegado el final de la temporada 2018 la administración de Universitario de Deportes no le renovó la confianza y Juan Manuel Vargas salió del club sin pena ni gloria, y ciertamente rechazado por cierta parte de la fanaticada crema. Sin embargo, en esos dos años logró ser uno de los mejores pagados del club.
De acuerdo con la información de Diario El Bocón, el Loco percibía un salario que rondaba los 16 mil dólares mensuales, que al cambio de la moneda peruana es un monto superior a los 60 mil soles mensuales. Y en un contrato por dos años, Vargas se habría llevado a los bolsillos un aproximado de 384 mil dólares, que al cambio de la moneda es un monto superior al 1 millón 4 mil soles.
En la actualidad, Juan Manuel Vargas no ha vuelto a pisar un campo de fútbol profesional y se mantiene alejado de las cámaras y dedicándose a sus negocios personales, aunque en su momento, distintos referentes de Universitario como Germán Leguía y Raúl Fernández, han manifestado que Vargas aún puede darle mucho a la U y esperan su regreso.
